手術室凈化是有著嚴格的保證和要求，主要有以下幾點：
（1）進入手術室必須更換洗手衣褲、鞋帽。
（2）嚴格控制（control)入室人數。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。
（3）盡量減少層流手術室的開門次數與時間（更不可將門打開不關），維持"相對密閉狀態"，以防外來污染的進入。
（4）手術前用酒精"擦拭(cleanse) "室內物品、醫療程儀器（appliance）、設備等。
（5）術后及時、徹底（thorough)清潔室內所有物品、墻壁及地面。
（6）婦女不可用粉、頭發噴霧劑和指甲油之類的化妝品，以減少污染來源。
（7）工作服應選用不易產生靜電(是一種處于靜止狀態的電荷)、不易脫落纖維的滌綸和尼龍織物。
（8）定期檢測層流系統功能狀態，測試（TestMeasure)層流手術室環境空氣潔凈度指標（target aim)和特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛培養等。凈化手術室采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。手術室裝修確保手術臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好　層流手術室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。
總之，使用層流手術室，強化無菌(意思:沒有活菌)（fungus)觀念和正規化管理仍然是醫療程安全的根本保證與要求，仍然是手術室工作之根本、之重點，只有當兩者緊密結合起來才是趨于完美的。