保持手術間“相對密閉狀態”，保證空氣的潔凈度：應保持層流手術室物品相對固定，盡量減少工作人員進出次數。手術室凈化采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。層流手術室不同級別的層流系統，其控制空間環境中的空氣置換率也不同，潔凈度級別越高，置換率越快，反之亦然。層流手術室墻壁應用具有抑菌作用的特殊涂料粉刷，光線明亮，色彩柔和且不須用水清潔沖洗。手術室凈化由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。一些知名凈化工程公司，在通行標準之外，基本都設有自身執行的高于國際化通行標準的凈化指標。
常規用的手術耗材、液體、藥品等均在層流手術室的玻璃墻柜中分類放齊、放全，位置（position )相對固定，保持基數；把與手術相關的各種儀器（appliance）如電刀、顯微鏡、腹腔鏡等固定在手術間，各類物品分類、分規格(specifications)擺放，標識清楚，使物各有位、過目知數、一目了然。 每天專人負責巡查及添置室內物品并登記；手術人員及參觀者(visitor)進入手術室后，盡量減少走動，各項動作要輕柔，勿在手術室抖動各種敷料。手術過程中保持前后門關閉，以避免頻繁（frequency)開關時空氣流動污染；盡量避免一位巡回護士同時巡回多臺手術，保證手術間處于相對封閉狀態。
強化清潔管理，減少各種污染的機會：層流手術室的一切清潔工作必須采用濕拭打掃，在凈化空調系統運行中進行。每天早晨濕拭并用消毒液"擦拭(cleanse) "手術室的物品，濕拭拖地并用消毒液擦洗墻面。層流手術室地面保持整潔，術中如有血液、體液濺到儀器（appliance）或地面，及時用浸濕消毒液的抹布擦拭；手術間設有尖銳物收集箱、感染類垃圾收集袋及非感染性垃圾收集袋，術中產生的垃圾分類放置，術后集中處理，每臺手術結束后器械護士將污染敷料置于污物車內，由工人從污物通道運出，減少對地面的污染，減少污物在室間停留時間；每次手術完畢用消毒液擦拭手術間的無影燈、器械臺、手術床、床墊和體位墊及其他物品表面，并用消毒液濕拭清潔地面。
每周進行徹底（thorough)的清潔工作，不同級別的層流手術室使用各自專用的拖把以防止交叉感染，并用500 mg/L的含氯消毒劑浸泡消毒。每星期清洗初效過濾網(Filter mesh)1次，出風口1次，并用消毒液"擦拭(cleanse) "回風口過濾網。中效、高效過濾網每2年更換1次。 塑膠(相關聯事物:塑料)地板定期請清潔公司用專業單圓機清洗加打蠟(candle)(wax)。每月對潔凈手術室內空氣潔凈度和物體表面進行特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)監測（Food Monitor)。加強出入口的管理：在層流手術室大門及無菌（fungus)(意思:沒有活菌（fungus))區入口處鋪設易清洗且可用消毒液浸泡的地墊，每日更換，這將對進出的推車及其車輪起到除塵和消毒作用。設立交換廳，嚴格區分室內車、室外車，病人由病人通道入室，進出必須更換交換車。每日增加交換區清潔地面的次數。