醫療凈化工程在初步建設完畢之后接下來的步驟（procedure)就是進行裝修設計，特別是高級別的手術室凈化對于室內裝飾有著非常嚴格的要求，使其在滿足功能要求的前提下，減少因材料和構造而產生或積聚的塵菌（fungus)，這對預防污染、降低（reduce)術后感染率是至關重要的。潔凈手術室裝修手術室的空氣；手術所需的物品；醫生護士的手指及病人的皮膚，防止感染，確保手術成功率。要求設計合理，設備齊全，護士工作反應靈敏、快捷，有高效的工作效率。手術室要有一套嚴格合理的規章制度和無菌操作規范。隨著外科技術飛速發展，手術室工作日趨現代化。
層流手術室凈化地面裝修
由于地面的污染度比墻和吊頂要高得多，大量塵粒由于醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動而產生，故地面裝修應引起設計人員的重視。層流手術室凈化采用高效低毒消毒劑，以及合理使用，是保障一般手術室無菌環境的有力措施。根據不斷討論與反復斟酌，修訂后《綜合醫院建筑設計規范》中，關于一般手術室的條文最終確定為：“一般手術室應采用末端過濾器不低于高中效過濾器的空調系統或全新風通風系統。地面裝修應做到平整、光滑、耐磨、耐侵蝕(酸、堿、藥)、易清潔。國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電(是一種處于靜止狀態的電荷)、易清洗之長，但不宜采用過氧(Oxygen)乙酸稀釋(dilute)液洗消，否則會與堿性的水泥（材料:粉狀水硬性無機膠凝材料)起反應導致麻面。
較高檔的地面裝修可選用橡膠(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)涂料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠(相關聯事物:塑料)卷材作地面材料。潔凈手術室裝修手術室的空氣；手術所需的物品；醫生護士的手指及病人的皮膚，防止感染，確保手術成功率。要求設計合理，設備齊全，護士工作反應靈敏、快捷，有高效的工作效率。手術室要有一套嚴格合理的規章制度和無菌操作規范。隨著外科技術飛速發展，手術室工作日趨現代化。它最顯著的優點，就是少接縫(通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料制成)，可避免污物及特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)的堆積，另外，它還具有耐污易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。
在垂直手術室凈化，如采用地面或地溝回風，回風部位面板應選用塊狀活動隔柵地板。地面不宜設地漏，否則應設高水封地漏，以防透氣污染潔凈室內空氣。
層流手術室凈化吊頂裝修
頂棚底面需布置與安裝高效過濾器(作用:過濾雜質等)送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均需隱蔽在頂棚內，故頂棚部分是手術室凈化內部裝修的重點部位。頂棚以輕鋼龍骨及大塊面板材料做吊頂為宜，吊頂上風管等振動影響較多，故控制（control)振動脫落比控制材料表面硬度（Hardness)更重要。吊頂罩面材料宜采用密封膠灌縫或壓條密封，使之形成整體，防止吊頂上部空間的灰塵通過縫隙污染潔凈手術室的氣流。
層流手術室凈化門窗裝修
在無窗的手術室凈化工程中，醫護人員及病患者因與外界完全隔絕，都容易產生抑郁、“被監禁”等不良感覺，不利于手術順利進行(尤其是時間較長的大型手術)。因而筆者認為，潔凈手術室可根據實際情況，適當設置窗戶，改善手術室內的環境氣氛，同時利于室外醫護人員及時了解手術情況，不必入內即可與室內人員進行溝通。
層流手術室凈化門位設置與氣流流向和手術床有很大關系，在水平層流手術室，門位設在下風向，在其他手術室，門設在病人腳的方向，可以防止進出人流對病人的影響。