手術室凈化至關重要，容不得半點馬虎，須按照操作規程來進行消毒凈化，是對每一位病患的負責。手術室凈化手術室須嚴格劃分為限制區(無菌手術間)、半限制區(污染手術間)和非限制區。三區分隔開的設計有二：一為將限制區與半限制區分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限制區和非限制區，中間由半限制區過渡，設備共用，這種設計管理較方便。合理的操作和正確的使用，對系統的使用周期(lifetime)，凈化質量以及手術室的潔凈度等都起著十分明顯的作用，機組的開啟與手術室的使用是密切相連的，值得我們注意的有一下幾點。
1、為保證室內有足夠的潔凈的新鮮空氣，手術進行前半個小時要啟動凈化機組。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。
2、為了清潔室內墻壁、地板等，維持一個良好的潔凈狀態，手術結束后，清潔。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。消毒工作應在機組運行中進行，結束后不要馬上停機，機組還要繼續運行，時間不小于30分鐘。
3、由于溫度（temperature)不僅是人員舒適性問題，合適的溫濕度是維持一個良好的潔凈狀態的必需條件，所以手術過程中若出線溫、濕度不受控制（control)，偏離設定值。巡回護士應及時通過護士站立即聯系機組工作人員進行調節
4、已完成凈化待用的手術間，如果有人進入就要開機運行，目的就是防止室內再次被污染。
總之，凈化的運行與管理，是醫院全面管理及潔凈手術室綜合管理的一部分，它包含著設備、物資、技術、品質（Character)和環境的管理。對其進行有序的管理。不但有利于患者，更有利于人們的身體就健康。